Das Fürstentum Neuburg verdankt seine Entstehung einer der zahlreichen Familienzwiste im Hause Wittelsbach. Dieses Mal gab Georg der Reiche vom Teilherzogtum Bayern-Landshut, zu dem u.a. die Grafschaft Graisbach und damit auch Wolferstadt gehörte, den Anlass zum Streit. Weil er keine männlichen Nachkommen hatte, fürchtete er,
dass der ansehnliche Besitz im Todesfalle nach dem damals geltenden Erbrecht dem Münchner Vetter Herzog Alb-recht III. zufallen würde, mit dem er jedoch verfeindet war. Um diesen ungeliebten Erben auszuschalten, bestimmte er seine Tochter Elisabeth und deren Gatten, den Pfalzgrafen Ruprecht zu seinen Nachfolgern. Der Münchner Herzog Albrecht, ließ sich dies natürlich nicht gefallen und so kam es1503 nach dem Tode Georgs zu dem erbittert geführten Landshuter Erbfolgekrieg.
1505 gelang es Kaiser Maximilian schließlich im Kölner Schiedsspruch den Streit beizulegen. Für die noch unmündigen Kinder Ottheinrich und Philipp, deren Eltern Elisabeth und Ruprecht 1504 an einer Seuche umgekommen waren, wurde aus unzusammenhängenden Gebieten von der schwäbischen Donau über Franken bis zur nördlichen Oberpfalz ein neues Territorium zusammengezimmert: die junge Pfalz
Im nordschwäbischen Bereich gehörte das Pflegamt Monheim, also die ehemalige Grafschaft Graisbach, zum Fürstentum. Donauaufwärts lagen die Neuburger Ämter Höchstädt und Lauingen, wobei die Stadt Lauingen als zweite Hauptstadt des ganzen Fürstentums bezeichnet wurde. Dillingen gehörte zum Hochstift Augsburg und Donauwörth war als freie Reichsstadt noch selbständig.
Das Fürstentum wurde von Neuburg aus regiert, wo sich bis 1690 wenigstens zeitweise auch die fürstliche Residenz befand, die dann mit dem Anfall des reichen Erbes der Neuburger am Niederrhein nach Düsseldorf und Mannheim verlegt wurde.
In Neuburg verblieben jeoch weiterhin die zentralen Behörden, wie z.B. das Hofgericht und die Regierung sowie der Sitz der im Fürstentum sehr mächtigen Landstände, welche das Steuerbewilligungsrecht besaßen. Dazu zählten
die adeligen Hofmarksbesitzer,
die landsässigen Klöster sowie
die Städte und Märkte.

Als Mittelbehörde fungierten die Landvogt- oder Pflegeämter, an deren Spitze meist eine adliger Landvogt (Landrichter) oder Pfleger stand, der für Verwaltungsaufgaben und für die Gerichtsbarkeit zuständig war