Neben den militärischen Niederlagen durch Napoleon erschütterten tiefgreifende politische Umwälzungen die Herrschaftssysteme in Europa. Die Koalitionskriege hatten die französische Ostgrenze bis zum Rhein hin verschoben und damit zahlreiche deutsche Fürsten um ihre linksrheinischen Gebiete gebracht. Durch den Reichsdeputationshauptschluss zu Regensburg im März 1803 wurde festgesetzt, dass diese Verluste durch kirchliche Besitzungen kompensiert werden sollten. So brachte das Jahr 1803 den großen Klostersturm, dem geschichtsstolze Klöster wie Kaisheim und Niederschönenfeld zum Opfer fielen. Man brachte alles unter den Hammer: Felder und Wälder, Immobilien und Hausrat, Gerätschaften und Vieh, Kelche, Messgewänder, Kirchenglocken und Reliquienschreine. Die geschichtlich und kunsthistorisch überaus wertvollen Archivbestände und Bibliotheken wurden auf offenen Leiterwagen abtransportiert und zum Teil zentnerweise an Pappdeckelfabrikanten verkauft oder gar als Auffüllmaterial beim Straßenbau verwendet. Die Gebäudekomplexe der Abteien von Kaisheim und Niederschönenfeld funktionierte man kurzer Hand zu Strafanstalten um.
Im Zuge der Säkularisation verlor der Eichstätter Fürstbischof sein Hochstift ebenso wie das Domkapitel seine Besitzungen u.a.auch die Hofmark Wolferstadt.
Dem bayerischen Minister Montgelas ging es aber nicht nur um den kirchlichen Besitz, er traute sich auch zu, mit einem Federstrich religiöse Traditionen und Vorstellungen in der Bevölkerung auszulöschen. Mit rücksichtsloser Strenge ordnete er beispielsweise an, Feldkapellen und Feldkreuze niederzureißen.

Auch in Wolferstadt musste der Anordnung Folge geleistet werden, wie folgende Notiz zeigt:

"Ferdinand Eigenmann, diesamtiger Unterthan und Zimmermeister dahier hat nach amtlicher Anweisung auf Kosten der Gemeinde in Verfolgung Curpfälzischer Verordung zu Neuburg publiziert
am 16.ds.Mts.
die 2 Cruzifixe, als eines im Wasserstall, das andere bey Weillheimerbach
abgebrochen und in den Pfarrhof gewehrlich eingebracht, dahero":

für sich pr.1 Tag mit 28 kr
für seinen Gesellen mit 26 kr
dem Mitgehilfen mit 26 kr
insgesamt mit 1fl 20 kr
(sage: ein Gulden zwanzig Kreuzer)
bey dem Amtsbürgermeister Jos. Merkle bezahlen zu lassen.

Wolferstadt, den 24 ten Merz 1804
Kasten- und Richteramt allda
Lit. Schmid

Und an anderer Stelle stellt Maurermeister Engelhard den Abriss von Feldkapellen in Rechnung:

Das Territorium des Fürstbistums Eichstätt sowie die Besitzungen des Domkapitels wurden dem Großherzog Ferdinand von Toskana übereignet. Der letzte domkapitelsche Kastner Franz Xaver von Schmidt wurde auf seinen neuen Herrn verpflichtet und übte bis 1805 das Amt eines Kurfürstlich-Salzburgischen Kastners und Richters in Wolferstadt aus. Er starb 1810 und fand in der Pfarrkirche seine letzte Ruhestätte. Die Landeshoheit verblieb noch bis 1808 beim Fürstentum Neuburg. Dann kam Wolferstadt endgültig zum Königreich Bayern.