Mit der Reformation begannen auch für Hagau turbulente Zeiten. Auf Geheiß des damaligen Landesherrn Ottheinrich von Neuburg wurde im Fürstentum die Lehre Martin Luthers eingeführt und die Untertanen auf die neue Kirchenordnung verpflichtet. Die Bewohner hatten sich zu fügen, denn
Der jeweilige Herrscher bestimmte die Religionszugehörigkeit seiner Untertanen
Das Domkapitel als Patronatsherrschaft der Kirche von Hagau wehrte sich vehement gegen die Einführung der Reformation und Schmälerung ihrer Rechte. Um die Anstellung eines evangelischen Diakons oder Predigers zu verhindern, veräußerte das Domkapitel 1577 hurzerhand die Güter des Frühmessbenefiziums.
In einem Schreiben des Landesherrn heißt es:
Neuburg verlangte die sofortige Wiederherstellung der ursprünglichen Stiftungsabsicht: