Die Auseinandersetzungen im "Landshuter Erbfolgestreit" führten 1505 zur Gründung des "F ü r s t e n t u m s N e u b u r g", dem u.a. auch das Landgericht G r a i s b a c h /Monheim eingegliedert wurde. Zwerchstraß, an der Peripherie des neuen Territoriums gelegen, wurde Grenzort zur Markgrafschaft Ansbach hin, das 1792 preußisch wurde. Die Position als nördlicher Pfeiler Schwabens hat es bis in die Gegenwart beibehalten. Für die Bevölkerung bedeutsam waren die Vorgänge im Zusammenhang mit der Durchführung der Reformation. Im Jahre 1542 trat Pfalzgraf O t t h e i n r i c h zum Protestantismus über. Gemäß dem Grundsatz "cuius regio - eius religio" hatten die Untertanen der Glaubensüberzeugung ihres Landesherrn zu folgen und mußten sich zur neuen Lehre bekennen. Am 25. April 1543 wurde die pfalz-neuburgische Kirchenordnung im ganzen Fürstentum verbindlich eingeführt. Zwerchstraß war nun, wie Wolferstadt und Hagau auch, evangelisch.
Eine überraschende Entwicklung bahnte sich jedoch an, als Wolfgang Wilhelm, der Sohn des Pfalzgrafen Philipp Ludwig, 1613 (zunächst streng geheim) zum katholischen Glauben übertrat. Nach dem Tode seines Vaters 1614 betrieb er mit Nachdruck die Gegenreformation in seinem Fürstentum. Zwerchstraß wurde nun wieder katholisch, und dabei blieb es dann endgültig. Da die markgräflich-ansbachischen Untertanen im benachbarten Döckingen weiterhin dem Protestantismus angehörten, wurde die territoriale Grenze auch zu einer konfessionellen Schranke.
Der Glaubensstreit führte schließlich 1618 zum Ausbruch des Dreißigjährigen Krieges. Während der ersten Phase blieb unsere Gegend weitgehend verschont. Als sich jedoch ab 1631 das Kriegsgeschehen nach Süddeutschland verlagerte, bekam die Bevölkerung das Unheil in aller Härte zu spüren. Es waren vor allem versprengte Truppenteile, sowohl der Schweden als auch der Kaierlichen, die immer wieder plündernd und mordend durch das Land zogen und Angst und Schrecken verbreiteten. Die Bauern flüchteten von ihren Höfen, versteckten sich in den Wäldern oder suchten in der befestigten Stadt Wemding Zuflucht. Der Krieg, Hunger und die immer wieder aufflackernde Pest dezimierten die Bevölkerung. Die Felder blieben unbestellt, und die Häuser verfielen. 1637/38 gab es in Zwerchstraß nur noch einen einzigen pfalz-neuburgischen Untertanen.
